故事围绕着大辰国的帝后展开，他们因为一次意外事件再次互换了身份，引发了一系列令人啼笑皆非的情节。

第二季中，帝后在对方的身体里继续过着完全不同的生活。原本互相看不顺眼的两人，却因为身份互换而开始体会到了对方的难处和责任。这种转变不仅带来了一连串的笑料，还深化了两人之间的感情。他们逐渐学会了互相理解、互相信任，成为了更好的伴侣。

然而，就在帝后克服了重重困难，成功换回自己的身体之后，鞑靼女王突然出现在宫中，带来了新的挑战。与此同时，朝野之中，三王爷也在密谋夺取皇权，使得整个剧情更加扑朔迷离，充满了悬念。

《两不疑第二季》延续了第一季的幽默风格，将观众带入一个充满欢笑和情感的王国。故事中的角色在面对身份互换和政治阴谋时展现出了坚韧和智慧，给观众留下了深刻的印象。