电影《新洗冤录》描绘了一个充满迷信和恶俗的封建社会，以及一群人揭开真相、消除迷信的故事。

在大宋年间，龙牙县遭受旱灾，百姓们认为是锁龙井中的龙王发怒，需要祭祀童男童女来消灾解难。这种迷信行为已经持续了很长时间，而每逢天灾就会有更多无辜的孩童被葬身井底。

新科进士庄严（赵一贝饰）刚刚上任龙牙县主薄，听闻这件事后，他坚持要救下那些无辜的孩童，却不幸卷入了一宗离奇的杀人案件而被关进了监狱。

为了救他，龙牙县仵作助手小宛（邵芸饰）冒着生命危险前往寻找已经退休多年的法医宋慈（欧阳震华饰）来帮忙查明真相。然而，宋慈发现真相并没有他想象中那么简单。

电影中，法医宋慈和他的伙伴们用科学方法和勇气一步步揭开真相，最终让那些无辜的孩童得到了解救，揭露了封建迷信的荒谬。这部电影通过反映历史上的一些迷信行为，表达了对科学精神和人道主义的尊重和推崇。