电影《钢之炼金术师：叹息之丘的圣星》带领观众踏上了一段寻找失去的东西的神秘旅程。故事的主人公是两位炼金术师，爱德华·艾尔利克和他的弟弟阿尔方斯·艾尔利克，他们因为过去的错误而失去了重要的东西，为了找回它们，开始了一场充满挑战的探索之旅。

故事背景设定在亚美斯多利斯，这是一个熟练使用炼金术的世界。爱德和阿尔方斯在中央首都展开了他们的冒险，但他们在那里遇到了越狱犯梅尔宾·波贾。梅尔宾的炼金术技能引起了兄弟俩的兴趣，他们认为从中或许能找到复原自己身体的线索。

兄弟俩跟随着梅尔宾留下的线索，决定前往西方大国“古雷达”进行调查。他们乘坐火车前往特普市，但火车却遭到了神秘组织“黑蝙蝠”的袭击。在混乱中，他们邂逅了梅尔宾寻找的偷渡客少女茱莉亚·克莱顿。最终，他们来到了位于地下的贫困之镇“米洛斯”。